Schottland bietet einen vielfältigen Lebensraum mit Laub- und Kiefernwäldern (ca. 14 % der Fläche Schottlands), Heideland und Torfmooren (17 %), Berglandschaften, Küstenmarschland, Mündungsgebieten, Süß- und Meerwasserlandschaften und baumlosen Tundren.
Die Pflanzenwelt gehört der nordwesteuropäischen, paläarktischen Zone an. Einst war ganz Schottland bis auf 500 m Höhe durch den Caledonian Forest mit einem großen Kiefernbestand bedeckt, der seit der Bronzezeit gerodet wurde, um Kulturland und Holz zu gewinnen. Die auch in Höhenlagen von über 600 m wachsende Schottische Kiefer ist heute selten und die aufgeforstete Waldlandschaft wird durch schnell wachsende Nadelhölzer wie Wachholder, Eiben und Tannen dominiert.
Im Hochland herrscht eine morastige Heidelandschaftmit Heidekraut, Farnkraut und Schilfgras, Pflanzen alpinen arktischen Charakters wie Flechten und Moosen sowie untersetzten Bäumen (z. B. Birken im Westen und Norden, Schottischen Kiefern, Birken und Eichen in den östlichen Highlands) und Sträuchern vor. An der Westküste wachsen Hortensien, Azaleen, Fuchsien und Rhododendren.
Die Kratzdistel (Guardian Thistle/Wächterdistel) stellt seit der Herrschaft König Alexanders III in der zweiten Hälfte des 13. Jhs.ein Nationalsymbol Schottlands dar. Der Legende nach wurden einige schlafende Krieger vor dem Tod bewahrt, als ein angreifender Norweger auf eine Distel trat und daraufhin laut aufschrie. Ab 1470 wurde die Distel als Motiv auf Silbermünzen genutzt und 1687 stiftete König James VII den St.-Andreas-Orden/The Most Ancient und Most Notable Order of the Thistle als Distelorden. Heute kommt die Distel in vielen schottischen Symbolen und in den Namen einiger Football-Clubs vor.
Die schottische Tierwelt besteht aus 62 wild lebenden Säugetierarten wie Rotwild, Wildkatzen, Füchsen, Kaninchen, Hasen, Eichhörnchen, Mäusen, Fledermäusen, Mardern, Wieseln, Hermelinen, Dachsen, Otter, Robben und Walen (im Moray Firth gibt es die weltweit nördlichste Kolonie von Großen Tümmlern) sowie domestizierten Säugetieren wie Hochlandrindern, Shetlandponys, Soayschafen und Schottischen Terriern. Vogelarten sind Stein- und Goldadler, Falken, Bussarde, Hühnerhabichte, Eulen, Raben, Sumpfhühner in den Mooren und Marschen der flachen Küstenstreifen, Austernfischer an den salzigen Fjorden des Hochlandes, große Möwenkolonien vor allem an den Steilküsten, Basstölpel, Papageientaucher, Wildgänse, Regenpfeifer, Schwalben und Kreuzschnäbel.
Schottland besitzt zwei Nationalparke: den Cairngorms National Park (mit der größten arktischen Berglandschaft im Vereinigten Königreich) und den Loch Lomond and the Trossachs National Park (mit dem größten Süßwassergewässer in Großbritannien). Etwa 13 % der Landesfläche sind durch geschützte national scenic areas bedeckt. Die Naturschutzgebiete werden durch die staatliche Einrichtung Scottish Natural Heritage betreut.